小さな会社にも税務調査は来る？ひとり社長が調査官に真っ先に見られる5つのポイント

「うちみたいな小さな会社に、税務調査なんて来ないでしょう」――そう思っているひとり社長は少なくありません。

結論から言うと、会社の規模が小さくても税務調査は来ます。そして、ひとり社長の会社で重点的に見られるのは「会社と社長個人のお金の区別」と「売上の計上漏れ」です。この記事では、調査の流れと、調査官がチェックするポイント、今からできる備えを解説します。

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税務調査は「申告内容が正しいかの確認」

結論：税務調査は、悪いことをした会社だけに来るものではありません。申告内容に気になる点がある会社や、一定期間調査を受けていない会社が選ばれます。

税務調査とは、つまり「税務署が、会社の申告が正しいかを帳簿や書類で確認すること」です。ほとんどの場合、事前に電話で連絡があり、日程を調整したうえで行われます。

流れ	内容
1. 事前通知	税務署から電話で連絡。調査の日時、対象の税目・期間などが伝えられる（顧問税理士がいれば税理士に連絡が行く）
2. 実地調査	調査官が会社（自宅兼事務所ならその自宅）に来て、帳簿・領収書・通帳などを確認する。小規模な会社なら1〜2日程度が多い
3. 追加の確認	後日、追加の資料提出や質問がある
4. 結果の通知	問題がなければ終了。誤りがあれば修正申告を勧められる

調査の対象になるのは、一般的に直近3年分の申告です。ただし、悪質な誤りが見つかった場合は、さらにさかのぼって調べられることがあります。状況によっては、さらにさかのぼって調べられる場合もあります。

結論：ひとり社長の会社では、「社長個人の支出が経費に混ざっていないか」と「売上が漏れていないか」が最重点で確認されます。

チェックポイント	調査官が見ること	よくある指摘
1. 公私混同の経費	家族との食事、私用の買い物、自宅の費用などが経費に入っていないか	家族旅行が出張、家族との外食が交際費として計上されている
2. 売上の計上漏れ・期ズレ	決算月の売上が翌期に回されていないか、個人口座に入金されていないか	3月に納品した仕事の売上が、入金された4月に計上されている
3. 役員報酬・役員関係の取引	役員報酬が毎月同額か、会社と社長のお金のやりとりに不自然な点がないか	期中に役員報酬を増額している、役員貸付金が増え続けている
4. 交際費・会議費	本当に取引先との飲食か、参加者の記録があるか	相手の名前がなく、社長ひとりの飲食と区別できない
5. 外注費・家族への支払い	実態のない外注や、働いていない家族への給料がないか	家族への給料に、仕事の実態を示す記録がない

個人事業主のときは「事業主貸」で処理できた私的な支出も、法人では役員報酬（役員賞与）とみなされることがあります。そうなると、会社の経費にならないうえ、社長個人にも所得税がかかる二重の負担になります。

税務調査の通知が来てから当日、調査終了までの流れや、準備すること、重加算税がつくかどうかの分かれ目は、「税務調査の通知が来てから当日までの流れ」で詳しく解説しています。

結論：誤りが見つかると、本来の税金に加えて、加算税と延滞税というペナルティがかかります。

たとえば、3年間で合計150万円の経費が「私的な支出」として否認され、そのうち役員賞与と判断された場合を考えてみます。

負担の種類	内容
法人税等の追加	経費が150万円減り、その分の法人税等（実効税率約22%で約33万円）が増える
源泉所得税の追加	役員賞与とされた分に対する源泉所得税を、会社が納める必要がある
過少申告加算税	追加で納める税金の原則10%（一定額を超える部分は15%）
延滞税	本来の納期限から納付日までの日数に応じた利息のようなもの（2026年は年2.8%〜9.1%）