マイナポータル連携で確定申告を自動入力する方法｜連携できる証明書と、できないものの手入力の扱い
「確定申告で、医療費や保険料の金額を一つずつ入力するのが面倒」「マイナンバーカードで自動入力できると聞いたけれど、何を準備すればいいの？」——確定申告の手間を減らしたい方に便利なのが、マイナポータル連携です。
マイナポータル連携を使うと、医療費、生命保険料、ふるさと納税、公的年金の源泉徴収票などのデータを、確定申告書等作成コーナーに一括で自動入力できます。ただし、事前準備をしておかないとデータを取得できず、連携に対応していない証明書は手入力が必要です。
この記事では、マイナポータル連携の事前準備の手順、取得できるデータとできないもの、連携するタイミングと手入力の扱いをわかりやすく解説します。
なお、連携できるデータや手順は年によって変わることがあります。本記事は執筆時点の情報をもとにしていますので、実際に申告する際は、国税庁などの最新情報を確認するようにしてください。
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マイナポータル連携とは
マイナポータル連携は、マイナンバーカードを使ってマイナポータルにログインし、保険会社や証券会社、健康保険などが発行する控除証明書などのデータをまとめて取得し、国税庁の確定申告書等作成コーナー（e-Tax）に自動で入力できる仕組みです。
- 証明書の数字を手で入力する手間と入力ミスを減らせる
- データで取得した証明書は、紙の証明書の添付や保管が不要
- スマートフォンでも利用できる
利用するには、マイナンバーカードと、カードを読み取れるスマートフォン（またはICカードリーダー）、カードの暗証番号が必要です。
取得できるデータ・できないもの
取得できる主なデータ
| 区分 | データ | 主な発行元 |
|---|---|---|
| 収入 | 給与所得の源泉徴収票 | 勤務先（e-Taxで税務署に提出している場合のみ） |
| 公的年金等の源泉徴収票 | 日本年金機構（ねんきんネットとの連携が必要） | |
| 特定口座年間取引報告書 | 対応している証券会社など | |
| 控除 | 医療費（医療費通知情報） | 健康保険（家族分も取得できる） |
| 生命保険料・地震保険料の控除証明書 | 対応している保険会社 | |
| ふるさと納税の寄附金の証明書 | 対応しているふるさと納税サイト | |
| 国民年金保険料の控除証明書 | 日本年金機構（ねんきんネットとの連携が必要） | |
| 国民年金基金・iDeCo・小規模企業共済の掛金の証明書 | 各実施機関 | |
| 住宅ローン控除の証明書・年末残高 | 税務署・対応している金融機関 | |
| （対象は順次拡大） | 国税庁「マイナポータル連携可能な控除証明書等発行主体一覧」で確認 |
取得できない（手入力が必要な）もの
- マイナポータル連携に対応していない保険会社・証券会社・ふるさと納税サイトの証明書
- 医療費通知情報に含まれない医療費：通院のための交通費、自由診療（保険がきかない治療）、薬局で買った市販薬、医療費通知に反映されていない受診分など
- 国民健康保険料・介護保険料などの社会保険料（自治体からの通知などをもとに入力）
- 勤務先が紙で提出している給与所得の源泉徴収票
- 事業所得・不動産所得の収支（帳簿や会計ソフトから作成）
- 副業の雑所得の収入・経費
医療費控除の対象になる費用の範囲は「医療費控除の対象になるもの・ならないもの」の記事で解説しています。
事前準備の手順
- マイナポータルの利用者登録：マイナポータルのアプリでマイナンバーカードを読み取り、利用者登録をする
- 「確定申告の事前準備」で取得したい証明書を選ぶ：医療費、生命保険料、ふるさと納税など、取得したいデータを選び、発行元（保険会社など）を追加する
- マイナポータルとe-Tax・民間送達サービスを連携：一部の発行元は、「e-私書箱」などの民間送達サービスを経由してデータを送るため、そのサービスとの連携が必要
- 民間送達サービスと発行元（保険会社など）を連携：保険会社などのサイトで、データの送付先として登録する
- ねんきんネットとの連携（公的年金の源泉徴収票や国民年金保険料の控除証明書を取得する場合のみ）
- e-Taxのマイページで情報取得の希望を登録（給与所得の源泉徴収票を取得する場合のみ）
準備が終わると、事前準備の画面で各項目が「準備完了」になります。一度準備をすれば、翌年以降は基本的にそのまま使えます（新しい保険に入った、ふるさと納税のサイトを変えた、などの場合は追加の設定が必要）。
発行元との連携が反映されるまでに数日かかることがあるため、事前準備は年内〜1月中に済ませておくと安心です。
連携（データ取得）のタイミング
- データを取得するのは、確定申告書を作成するとき（例年1月以降）。各発行元がデータを用意した後でないと取得できない
- 医療費通知情報は、12月の受診分まで反映されるのに時間がかかることがあるため、年末の受診分が含まれているか確認する
- 確定申告の期間（2026年分は2027年2月16日〜3月15日）が近づくと、データがそろいやすい。還付申告なら1月から提出できるが、データがそろっているか確認してから作成する
データを取得した後に、新しい証明書が届いた場合などは、申告書を作成し直すか、その項目を手入力で追加します。
取得したデータと手入力を組み合わせる
確定申告書等作成コーナーでは、マイナポータルから取得したデータが自動で入力された後に、不足しているものを手入力で追加できます。
医療費控除の場合
- 医療費通知情報で取得した医療費は、自動で入力される
- 医療費通知に含まれない医療費（通院の交通費、市販薬など）は、「医療費控除の明細書」に手入力で追加する
- 手入力した分の領収書は、5年間保管する（提出は不要）
ふるさと納税の場合
- 連携しているサイト経由の寄附は自動で入力される
- 自治体に直接申し込んだ寄附や、連携していないサイトの寄附は、受領証明書をもとに手入力する
確定申告をすると、ふるさと納税のワンストップ特例は無効になるため、すべての寄附を申告書に記載しましょう（「ふるさと納税のワンストップ特例が無効になるケース」参照）。
取得したデータは修正しない
マイナポータル連携で取得したデータは、原則として修正せずにそのまま使います。金額が違うと思われる場合は、発行元に確認しましょう。
個人事業主は会計ソフトと組み合わせる
個人事業主の方は、事業所得の部分を会計ソフトで作成し、控除の部分をマイナポータル連携で自動入力すると、確定申告の手間を大きく減らせます。会計ソフトの中には、マイナポータル連携に対応し、控除証明書のデータを取り込めるものもあります。
e-Taxで申告した後は、受信通知を必ず確認しましょう（「e-Taxの受信通知の確認」参照）。
チェックリスト
- マイナンバーカードを持っていて、暗証番号（利用者証明用・署名用）を覚えているか
- マイナポータルの利用者登録をしたか
- 「確定申告の事前準備」で、取得したい証明書を選び、準備完了になっているか
- 加入している保険会社・証券会社・ふるさと納税サイトが連携に対応しているか確認したか
- ねんきんネット、e-Taxマイページの設定が必要な項目はないか
- 連携できない医療費・寄附・社会保険料の領収書などをまとめたか
確定申告をもっとラクにするなら
代表的な会計ソフトとして「マネーフォワード クラウド」「freee会計」「やよいの青色申告オンライン」があります。事業の帳簿づけから確定申告書の作成、e-Taxでの提出まで一つの流れで進められます。無料で試せるプランが用意されていることも多いので、実際の画面を触って使いやすいものを選ぶのがおすすめです。
マネーフォワード クラウド
会計・確定申告・請求書などのサービスをまとめて提供しており、複数の業務を一つのシリーズで管理したい方に向いています。
freee会計
簿記の知識が少なくても使いやすい画面づくりが特徴で、経理初心者や個人事業主・小規模な会社に向いているクラウド会計ソフトです。
やよいの青色申告オンライン
会計ソフトの老舗・弥生が提供する、個人事業主向けのクラウド申告ソフトです。日々の帳簿付けから青色申告決算書・確定申告書の作成まで、画面の案内に沿って進められます。
※対応機能や料金プランは変更される場合があります。最新情報は公式サイトでご確認ください。
確定申告の書き方を本で確認したい方へ
マイナポータル連携で取り込めない項目は手入力が必要です。控除の種類ごとの書き方を確認しながら進めたい方は、確定申告の解説書が一冊あると安心です。記入例を見ながら進めたい方は、確定申告の解説書を一冊手元に置いておくと安心です。
※書籍は税制改正にあわせて毎年改訂されます。購入の際は最新年度版かどうかをご確認ください。
※Amazonのアソシエイトとして、当サイトは適格販売により収入を得ています。
まとめ
- マイナポータル連携で、医療費・生命保険料・ふるさと納税・公的年金の源泉徴収票などを自動入力できる
- データを取得するには事前準備（利用者登録、証明書の選択、民間送達サービスや発行元との連携など）が必要。反映に数日かかるので年内〜1月中に済ませる
- 給与所得の源泉徴収票は、勤務先がe-Taxで提出している場合のみ取得できる
- 連携に対応していない証明書、医療費通知に含まれない医療費、国民健康保険料などは手入力
- 連携できるデータや手順は変わることがあるため、最新の情報を確認する
マイナポータル連携は、一度準備すれば翌年以降もずっと使える便利な仕組みです。確定申告の時期になって慌てないよう、年内に事前準備を済ませておきましょう。
※本記事は2026年11月時点の情報をもとに作成しています。連携できるデータや手順は変わることがあるため、実際に申告する際は国税庁などの最新情報を確認し、個別の判断については税務署や税理士等の専門家にご確認ください。
