健康診断・人間ドックの費用は経費になる？福利厚生費にできる条件と役員・個人事業主の注意点

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「従業員の健康診断の費用は経費になる？」「社長の人間ドック代を会社で払っても大丈夫？」「個人事業主の自分の健康診断は？」——健康診断や人間ドックの費用は、誰が受けるか、どのように支払うかによって扱いが大きく変わります。

結論から言うと、従業員の健康診断・人間ドックの費用は、一定の条件を満たせば「福利厚生費」として経費にできます。一方で、役員だけが受ける人間ドックや、個人事業主本人の健康診断は、原則として経費になりません。この記事では、その条件と注意点をわかりやすく解説します。

なお、税法は税制改正などによって変わることがあります。本記事は執筆時点のルールをもとにしていますので、実際に経費計上する際は、その時点の最新情報を国税庁のWebサイトなどで確認するようにしてください。

健康診断・人間ドックの費用は経費になる？

まずは全体像を確認しましょう。

誰の費用か	経費になるか	主な扱い
法人の従業員（全員が対象）	◯ なる	福利厚生費
法人の役員（従業員と同じ条件で受診）	◯ なる	福利厚生費
法人の役員だけ・特定の人だけ	✕ 原則ならない	役員賞与・給与として課税
個人事業主の従業員	◯ なる	福利厚生費
個人事業主本人	✕ ならない	家事費（事業主貸）
従業員の家族	✕ 原則ならない	従業員への給与として課税

法人の場合：福利厚生費にできる3つの条件

会社が負担する健康診断・人間ドックの費用を福利厚生費として経費にし、受診した人に給与として課税されないようにするには、一般的に次の条件を満たす必要があります。

1. 全従業員を対象にしていること

役職や立場に関係なく、すべての役員・従業員が受けられることが必要です。「35歳以上の全員」「勤続1年以上の全員」のように、合理的な基準で一律に対象者を決めている場合も認められます。

2. 社会通念上一般的な金額であること

健康診断や人間ドックとして通常の範囲内の費用であることが必要です。特別に高額なオプション検査や、豪華な宿泊付きのプランなどは、その部分が給与とみなされる可能性があります。

3. 会社が医療機関に直接支払うこと

原則として、会社が医療機関に費用を直接支払うことが必要です。従業員が自分で支払った費用を後から会社が現金で補てんする方法は、給与として扱われる可能性があるので注意しましょう。

定期健康診断は会社の義務

労働安全衛生法により、会社には常時使用する労働者に対して、年1回の定期健康診断を実施する義務があります（雇入れ時の健康診断も必要です）。法律で実施が義務付けられている健康診断の費用は、会社が負担するのが原則です。

人間ドックの場合の注意点

人間ドックは、通常の健康診断よりも検査項目が多く、費用も高額になります。福利厚生費にするための考え方は健康診断と同じですが、次の点に特に注意が必要です。

役員だけが受ける人間ドックは、全従業員が対象ではないため、役員賞与として扱われます。役員賞与は原則として法人税の計算上、損金になりません。さらに、役員個人にも所得税がかかります。
年齢などの基準で対象者を決めることは可能です。たとえば「40歳以上の全役員・従業員は人間ドック、それ以外は定期健康診断」のように、ルールを社内規程で明確にしておきましょう。
オプション検査（PET-CT、脳ドックなど）を特定の人だけに追加する場合は、その部分が給与とみなされる可能性があります。

社長一人の会社の場合

役員が社長一人だけの会社では、「全員が対象」という条件を形式的には満たします。ただし、実質的には社長個人のための支出と見られやすく、福利厚生費として認められるかどうかは判断が分かれるところです。将来従業員を雇った場合も同じ条件で受診できるよう規程を整え、金額も一般的な範囲にとどめるなど、慎重に対応しましょう。

個人事業主の場合

個人事業主本人の健康診断は経費にならない

個人事業主本人の健康診断や人間ドックの費用は、経費になりません。自分の健康管理は、事業ではなく個人の生活のための支出（家事費）と考えられるためです。事業用の口座から支払った場合は、「事業主貸」として処理します。

従業員の健康診断は福利厚生費にできる

個人事業主が雇っている従業員の健康診断の費用は、法人の場合と同じように、条件を満たせば福利厚生費として経費にできます。

家族だけで事業をしている場合

従業員が家族（青色事業専従者など）だけの場合、その健康診断の費用は、実質的に事業主の家族のための支出と見られやすく、福利厚生費として認められにくいケースがあります。家族以外の従業員がいる場合は、その従業員と同じ条件で受診させるなど、取り扱いを統一しておくことが大切です。

経費にならない場合に使える制度

医療費控除

健康診断や人間ドックの費用は、病気の治療ではないため、原則として医療費控除の対象になりません。ただし、健康診断の結果、重大な病気が見つかり、引き続きその治療を受けた場合は、その健康診断の費用も医療費控除の対象になります。領収書は捨てずに保管しておきましょう。

セルフメディケーション税制

市販薬（対象となるOTC医薬品）を購入した場合に使える「セルフメディケーション税制」では、健康診断や予防接種を受けていることが適用の条件の一つになっています。健康診断の費用そのものは控除の対象になりませんが、受診の記録（結果通知表など）は手元に残しておきましょう。なお、この制度は通常の医療費控除と同時には使えず、適用期限が定められた特例なので、利用する年の最新情報を確認してください。